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DVD版・ブルーレイ版それぞれに劇場版が収録されております。

少女シータは、政府の特務機関に捕らえられ飛行船に乗せられていた。
彼らの狙いはシータが亡き母から受け継いだ、謎の青い石だった。
そこへその石を同じく狙う海賊ドーラ一家の襲撃があり、逃げようとしたシータは誤って飛行船から落ちる。
シータは石が放つ不思議な光に包まれて気を失いながらゆっくりと落ちて行き、鉱山で働く少年パズーに助けられる。
パズーはシータが追われていることを知り、彼女を守って共に逃げる。ドーラ一家に追われた二人は谷に落ちるが、石の力によって再び救われる。石に詳しい老人ポムによればそれは昔ラピュタで作られた飛行石だという。
ラピュタは空に浮かぶという伝説の城だが、パズーの亡き父はラピュタを見ており、ラピュタへ行くのはパズーの夢だった。
不思議なことにシータの家には"ラピュタ"という秘密の名前も受け継がれていた。老人と別れ、地上に戻った二人は特務機関に捕まり、軍の要塞へと連行される。そこでシータは特務機関を指揮するムスカ大佐から、昔ラピュタから落ちてきた壊れたロボット兵を見せられる。
ラピュタは遠い昔に滅びたが、かつて高度な科学力で天空から世界を支配した強大な帝国であり、今も空のどこかに浮いているという。飛行石はラピュタの王族が、いつかラピュタに帰るために代々受け継ぐ物だった。ムスカはシータがラピュタ王の末裔だと明かす。ラピュタが平和にとって危険であるとムスカはラピュタ探索への協力を求め、パズーの命を盾とされたシータは、やむなくそれを受け入れる。その夜、シータは昔教わった"困った時のおまじない"を何げなく唱える。
彼女は知らなかったが、それはラピュタの封印を解く言葉だった。
その言葉によりロボット兵は目覚めて暴れ出し、石は空に光を放ってラピュタの位置を指し示す。

映像特典：
天空の城ラピュタ　絵コンテバージョン(全編)
Behind the Microphone（英語）
The World of Laputa（宮崎駿監督）
Creating Castle in the Sky（宮崎駿監督）
Character Sketches（宮崎駿監督）
Producer's Perspective: Meeting Miyazaki（鈴木敏夫プロデューサー）
Scoring Miyazaki（久石譲）
天空の城ラピュタ　プロモーション（日本語）
ノンテロップオープニング・エンディング
TVスポット