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DVD版・ブルーレイ版それぞれに劇場版が収録されております。

オルディネモンの誕生でイグドラシルの思惑通り現実世界の崩壊が始まろうとする。太一が行方不明の不安になる中、ヤマト達は戦い続けると決意し歪みから現実世界に戻る。 出現したオルディネモンを止めようとするも、圧倒的な強さに歯が立たない。そこにハックモンが現れ、ホメオスタシスがオルディネモンを処分するために、現実世界を巻き込んでリブートを起こすと告げる。リブートとは現実世界の電子機器すべてをリセットすることだった。光子郎は反対し、他の方法を探そうとする。 一方、デジタルワールドの研究施設にいた太一と西島は捕らわれていた大輔達とゲンナイを発見するも、謎の男の策略によって、研究施設は爆破寸前に陥ってしまう。重症の西島は太一を装置に誘導し、現実世界に戻すと同時に爆破に巻き込まれ犠牲となる。 失意のヒカリはウィザーモンにテイルモンの所へ導かれ、テイルモンから「すべての光はメイクーモンの中に」の声を聞く。光子郎はメイクーモンがすべてのデジモンのデータを内包していると気づくと、芽心にパスワードを入力させ、同時にデジモン達の記憶を取り戻し、ジエスモンによってオルディネモンからテイルモンが切り離され現実世界のリブートも中止される。 テイルモンが切り離されても暴走を止めないオルディネモン。帰還した太一はこれ以上メイクーモンを救うことは無理だと判断し倒すことを決意し、ヒカリも覚悟を決めテイルモンをホーリードラモンに究極進化させ、彼らの決意がオメガモンをマーシフルモードに変化させ、圧倒的な強さでオルディネモンを葬り去る。メイクーモンは芽心に別れを告げ消滅し、現実世界もデジタルワールドも静けさを取り戻す。 芽心が鳥取に帰って三か月後、太一達はそれぞれの未来に向けて歩みだしていた。

映像特典:  Voice-over acting panel with Johnny Yong Bosch, 
Joshua Seth and Colleen O’Shaughnessey from Anime Expo