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高校3年生の石田将也はこれまで続けていたアルバイトを辞め、また自室の家具を全て売り、銀行口座から全財産を引き出す。そしてその札束を封筒に入れ、母の眠る枕元に置き、家を出ると、橋の上から飛び降りて死のうとする。しかし飛び降りることができず断念する。
小学6年生の将也のクラスに先天性の聴覚障害を持つ少女・西宮硝子が転校してくる。硝子は「筆談用ノート」でクラスメイトと交流しようとするが、将也たちは硝子をいじめるようになる。硝子の補聴器が何度も紛失・故障したことで学級会が開かれ、将也が犯人と決めつけられる。将也の母は息子を責めず、補聴器代170万円を弁償する。将也は逆にいじめられる立場となり、硝子も転校してしまう。中学生になっても将也は孤立し、やがて「自分がしたことは自分に跳ね返る。自分は罪を背負い、罰を受ける必要のある人間である。」との思いから心を閉ざしてしまう。
自殺を決意した将也は母親に補聴器代を返し、硝子が通う手話サークルを訪れる。硝子と再会した将也は、手話で「友達になってほしい」と話しかけていた。死ぬことを思いとどまった将也は再び手話サークルを訪れるが、硝子の妹西宮結絃に阻まれ、硝子に会えなくなる。
将也はひょんなことから同じクラスの永束友宏と友達になる。永束の助力で将也は硝子と会うようになる。二人は小学生時代硝子と仲良くしていた佐原みよこ、硝子をいじめていた植野直花とも再会し、同じクラスの川井みきと真柴智とも親しくなる。全員で遊園地に遊びにいった将也は、久しぶりに人との関わりを楽しむ。しかし昔のいじめ事件を蒸し返したことで、再び将也は孤立してしまう。

映像特典: Real Life Locations of A Silent Voice featurette, full film commentary by the Production Staff (2 hours 10 minutes), 
Koi Wo Shita No Wa music video, Speed of Youth short music video by Naoko Yamada featuring original animations not in the film, 
Japanese and US promotional videos, and additional features to be revealed.